خالد فریدونی در شهریورماه سال 1379 دستگیر و به اتهام اقدام علیه امنیت ملی و محاربه و عضویت در حزبی کوردی مخالف با جمهوری اسلامی محاکمه و با حکم دادگاه انقلاب شهر مهاباد محکوم به اعدام شد.
حکم اعدام خالد فریدونی بعد از سه سال و شش ماه در دادگاه تجدیدنظر به حبس ابد تقلیل یافت. وی اکنون در سالن 12 بندچهار زندان رجایی شهر دوران حبس خود را سپری می کند.
خالد فریدونی زندانی سیاسی کورد که بیش از 17 سال است در زندان بسر میبرد، مشمول عفو مشروط است. اما چنین درخواستی از جانب وی نه تنها از سوی مسئولین زندان رجایی شهر بدان پاسخی داده نمی شود حتی از دادن مرخصی سالانه بدو نیز ممانعت بعمل میآورند و از ابتدایی ترین حقوق یکی زندانی سیاسی محروم است.
خالد فریدونی همراه با عمر فقی پور فعال سیاسی کورد دستگیر و بعد از محاکمه مدت چند سالی در زندانهای پیرانشهر و مهاباد و ارومیه بسر برد و بعدها به زندان رجایی شهر انتقال داده شد.
